Анаэробные бактерии отличаются от других по нескольким параметрам. Они растут в тех средах организма, где понижено содержание кислорода (например, в кишечнике), и в распадающейся ткани, особенно в глубоких и загрязненных ранах, где другие бактерии не размножаются, а механизмы защиты организма неэффективны. Анаэробные бактерии для своего существования не нуждаются в кислороде; напротив, некоторые из них не могут жить в его присутствии. Они обычно вызывают болезни, при которых формируются скопления гноя (абсцессы).

В норме на коже и слизистых оболочках, например на слизистых оболочках полости рта, кишечника и влагалища, живут и не причиняют вреда сотни разновидностей анаэробных бактерий; несколько сот миллиардов бактерий может существовать в 1 кубическом сантиметре кала. Если нормальная для анаэробных бактерий окружающая среда нарушена в результате операции, плохого кровоснабжения или другого повреждения ткани, они могут вторгаться в ткани хозяина, вызывая опасные — и даже смертельные — инфекции.

К болезнетворным анаэробным бактериям относятся клостридии, живущие в пыли, почве, на растительности и в кишечнике людей и животных, а также пептококки и пептострептококки, которые являются частью нормальной микрофлоры полости рта, верхних дыхательных путей и толстой кишки. Другие анаэробные бактерии — это бактероиды (Bacteroides fragilis), в обычных условиях являющиеся частью нормальной флоры толстой кишки, а также превотеллы (Prevotella melaninogenica) и фузобактерии (Fusobacterium), входящие в состав нормальной флоры полости рта.