Всемирная организация здравоохранения рекомендует использование антибиотиков при холере только в случаях с тяжелым обезвоживанием. Антибиотики позволяют сократить течение болезни и уменьшить тяжесть симптомов. Применение антибиотиков также уменьшает потребность в приёме большого количества жидкости. Больные выздоравливают и без антибиотиков, если не развилось сильное обезвоживание.

В первую очередь обычно используется доксициклин, хотя некоторые штаммы холерных вибрионов устойчивы к нему. Тестирование на устойчивость во время вспышки может помочь определить соответствующий выбор. Другие антибиотики доказали свою эффективность, такие как котримоксазол, эритромицин, тетрациклин, хлорамфеникол, фуразолидон. Фторхинолоны, такие как норфлоксацин, могут быть тоже использованы, но об устойчивости к ним также есть информация.

Во многих районах мира устойчивость к антибиотикам возрастает. В Бангладеш, например, в большинстве случаев холерные вибрионы устойчивы к тетрациклину, триметоприм-сульфаметоксазолу и эритромицину. Интересно, что там же в Бангладеш было изучено влияние пищевых добавок с цинком на течение холеры, в этой стране они широко применяются и вызывают сокращение длительности течения заболевания и уменьшение потерь жидкости со стулом на 10%

При правильном лечении холеры уровень смертности составляет менее 1%, а при отсутствии лечения смертность составляет 50-60%. От некоторых штаммов холеры, например таких, как вызвавших эпидемию 2010 года в Гаити или 2004 года в Индии, смерть может наступить в течение 2-х часов от начала заболевания.