Метод ПИФ предполагает прямое обнаружение микроорганизмов вызывающих заболевание. При люминесцентном исследовании под микроскопом колонии хламидий подсвечиваются на контрольном образце в виде пятен зелено-желтого флюоресцирующего цвета на коричневом фоне клеточной цитоплазмы. Включения патогенов обычно имеют гомогенную смешанную структуру, с ярко выраженной зернистостью. ПИФ анализ на хламидии назначают при острой и хронической фазах болезни