Самым спорным вопросом был рак молочной железы, и по данным ретроспективных исследований и случай-контроль исследований частота рака молочной железы на фоне ЗГТ практически не изменялась. В исследовании Women’s Health Initiative отмечено его возрастание в группе комбинированной терапии, а в группе монотерапии эстрогенами отмечено некоторое снижение риска рака молочной железы или отсутствие влияния.